過少申告加算税とは、期限内に申告書を提出したが、その申告にかかる税額が過少であったため、税務署の調査などにより修正申告書を提出したとき、または税務署から更正されたときに、追加で課される税のことを言います。
過少申告加算税は、納付すべき税額の10％に課せられます。納付すべき税額が期限内に納付した税額または50万円のいずれか多い金額を超える場合は、その超過分についてさらに５％の金額が加算されます。すなわち過少申告加算税は、
（追加納付税額×10％）＋（追加納付税額-期限内納付税額または50万円のいずれか多い金額）×5％
で額が決定されます。
過少申告加算税は、納付すべき税額が1万円未満のときは課せられません。税額に1万円未満の端数があるときは切り捨てて計算されます。また、加算税の額が5,000円未満である場合には徴収されず、100円未満の端数は切り捨てられます。
なお、過少申告加算税と重加算税が同時に課税されることはありません。また、納付すべき税額が計算されていなかったことに対し、正当な理由があると認められた場合は、その認められた税額は控除されます。